Biopython Entrez presentation

Entrez module

Speaker: Miguel González Sosa

The Bio.Entrez module makes use of the nine Entrez Programming Utilities (also known as EUtils).

Tenemos una utilidad para hacer una búsqueda de texto en un determinada base de datos.
Tenemos una utilidad para encontrar artículos en PubMed dado una cita parcial.
esummary devuelve un resumen de una determinada entrada.
Con efetch podemos descargarnos información como las secuencias fasta de un nucleótido o una proteína.
elink busca entradas relacionadas con la que busquemos.
einfo devuelve información sobre una base de datos en sí, no de los datos que contiene.
egquery hace una búsqueda de texto en todas las bases de datos a la vez.
espell hace sugerencias cuando hacemos una búsqueda por texto. Nos puede corregir si escribimos algo mal.
epost sirve para almacenar una serie de identificadores en una sesión para poder realizar operaciones sobre esos elementos más tarde. Por ejemplo si queremos descargar un conjunto medianamente grande de secuencias con efetch (cosa que no está recomendada), en vez de hacer una petición a ésta con una url gigante, que puede dar algún problema, podemos almacenar temporalmente los identificadores en una sesión en el servidor y sobre ellos podemos hacer las operaciones oportunas.
A parte de estas nueve utilidades Bio.Entrez ofrece un parseador propio de xml, aunque python ya tiene uno integrado.

Since May 1, 2018, is not possible to do more than three requests every second without an API key.
With an API key, we can post up to 10 request per second.


							>>> from Bio import Entrez
							>>> Entrez.email = "A.N.Other@example.com"


							>>> from Bio import Entrez
							>>> Entrez.tool = "MyLocalScript"